Link und Tetra leben in einem von Wasser bedeckten Hyrule, dem Großen Meer. Auf der Fahrt mit Tetras Piratenschiff entdecken die beiden ein Geisterschiff. Kaum hat Tetra das Schiff betreten, schreit sie um Hilfe. Als Link ihr folgen will, rutscht er aus und stürzt ins Meer. Auf einer Insel angespült, wird er von der Fee Ciela geweckt. Bei der Erkundung der Insel findet Link die Phantom-Sanduhr, gefüllt mit dem Sand der Stunden, und trifft den alten Mann Oshus, der ihm helfen will, das Geisterschiff zu finden und Tetra wiederzusehen. Für seine Suche sichert sich Link die Unterstützung von Kapitän Linebeck und dessen Schiff, der S. S. Linebeck, mit der Link, Ciela und Linebeck die Inseln bereisen. Nachdem er das Große Meer durchkämmt hat, erfährt Link, dass er Karten und Hinweise im Tempel des Meereskönigs nutzen muss, um die Geister des Mutes, der Weisheit und der Kraft zu finden, die ihm wiederum helfen werden, das Geisterschiff aufzuspüren …