Die Handlung setzt zehn Jahre nach dem Ende von Gundam F91 ein. Die Helden des Films, Seabook Arno und Cecily Fairchild, entdecken, dass Crux Dogatie von der Jupiter Energy Fleet plant, die Erde mit den Streitkräften seines Jupiter-Imperiums zu erobern. Daraufhin nimmt Cecily ihren Geburtsnamen „Berah Ronah“ an und gründet die Crossbone Vanguard neu, die sich als Piraten ausgibt und die Jupiter Energy Fleet angreift. Seabook ist unter dem Decknamen „Kinkedo Nau“ einer der besten Piloten der neuen Vanguard. Der andere ist Zabine Chareux, ein Veteran der ursprünglichen Crossbone Vanguard. Die Hauptfigur von Crossbone Gundam ist ein jugendlicher Newtype namens Tobia Arronax, der in den Krieg zwischen der Crossbone Vanguard und dem Jupiter-Imperium hineingezogen wird. Während Gundam F91 von vielen Gundam-Fans verständlicherweise als Enttäuschung angesehen wird, gilt Crossbone Gundam weithin als einer der besten Beiträge der Reihe – mit einer sympathischen Besetzung, einer gut geschriebenen Geschichte und einzigartigen mechanischen Designs im Stil eines „Piraten-Gundam“. Die Qualität lässt einen leicht darüber nachdenken, wie Gundam F91 ausgefallen wäre, hätte Tomino es wie ursprünglich geplant als 52-teilige Fernsehserie vollenden können, anstatt es in einen einzigen zweistündigen Film pressen zu müssen.
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